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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha : |
06/06/2019 |
Actualizado : |
04/05/2020 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Nacionales |
Autor : |
CAPDEVIELLE, F.; OTTATI, C.; LOPRETTI, M. |
Afiliación : |
FABIAN MARCEL CAPDEVIELLE SOSA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CAROLINA OTTATI, LATU (Laboratorio Tecnológico del Uruguay); MARY LOPRETTI, LATU (Laboratorio Tecnológico del Uruguay); Universidad de la República (UdelaR)/ Facultad de Ciencias. |
Título : |
Bioinfo_eXtrema: un enfoque bioinformático para integrar información ambiental, bioquímica y genómica, enfocado en bioprospección y selección de consorcios de microorganismos con aplicaciones en biorremediación. |
Fecha de publicación : |
2010 |
Fuente / Imprenta : |
INNOTEC, Revista Anual del LATU, 2010, No. 5, pp. 43-47. |
Idioma : |
Español |
Notas : |
Article history: Recibido: 28/06/2010 - Aprobado: 21/09/2010 |
Contenido : |
RESUMEN.
La identificación de componentes funcionales clave para diversos bioprocesos de interés industrial ha permitido seleccionar aislamientos adaptados a condiciones ambientales extremas en tres especies de hongos del género Penicillium. Dichos aislamientos fueron evaluados in vitro para caracterizar su potencial como componentes de un consorcio microbiano aplicable en biorremediación de efluentes industriales que contienen residuos lignocelulósicos. Los resultados de la anotación de secuencias genómicas disponibles para una de las especies identificadas apuntan a la existencia de genes con alta similaridad respecto a los existentes en diversos hongos considerados como referencia en materia de degradación de lignina en ambientes naturales. Las anotaciones funcionales propuestas a partir de secuencias accesibles ?identificadas a través de la base de datos Fungal Oxidative Lignin Enzymes? podrían contrastarse con los resultados experimentales para cepas creciendo en diferentes medios con lignina, representando ambientes industriales extremos. Mediante este trabajo se propone el ensamblado de Bioinfo_eXtrema como parte de un enfoque bioinformático centrado en la selección de consorcios de extremófilos para aplicaciones en biotecnología industrial, combinando diversas técnicas de minería de datos ?integradas a través del Waikato Environment for Knowledge Analysis? para facilitar la integración de información molecular disponible e indicadores funcionales relevantes para aplicaciones en biorremediación.
ABSTRACT.
The ability to identify microbe extremophiles with metabolic capabilities suited for specific bioprocesses opens the doors of extreme environments for development of new industrial products. Identification of key functional components from existing biodiversity supported selection of candidate isolates from three Penicillium fungal species. These candidates were evaluated in vitro to further characterize their potential as components of a microbial consortium for biorremediation of industrial effluents containing lignocellulosic residues. Results from annotation of available genomic sequences for one of these Penicillium species pointed to the existence of putative genes highly similar to those functionally identified in reference fungi for degradation of lignin in natural environments. Proposed functional annotations from available sequences were identified through a specialized database ?Fungal Oxidative Lignin Enzymes (FOLy)? and could be contrasted straightforward with experimental results for strains growing in different media containing lignin, representing extreme industry-related environments. We propose the as-sembly of Bioinfo_eXtreme as an industrial-biotechnology-centered bioinformatics approach for consortia selection, combining diverse data mining techniques ?components of the Waikato Environment for Knowledge Analysis (WEKA)?, to facilitate inte-gration of available molecular information and relevant phenotypic indicators for biorremediation applications.Keywords: Extremozymes, lignin, data mining, Penicillium. MenosRESUMEN.
La identificación de componentes funcionales clave para diversos bioprocesos de interés industrial ha permitido seleccionar aislamientos adaptados a condiciones ambientales extremas en tres especies de hongos del género Penicillium. Dichos aislamientos fueron evaluados in vitro para caracterizar su potencial como componentes de un consorcio microbiano aplicable en biorremediación de efluentes industriales que contienen residuos lignocelulósicos. Los resultados de la anotación de secuencias genómicas disponibles para una de las especies identificadas apuntan a la existencia de genes con alta similaridad respecto a los existentes en diversos hongos considerados como referencia en materia de degradación de lignina en ambientes naturales. Las anotaciones funcionales propuestas a partir de secuencias accesibles ?identificadas a través de la base de datos Fungal Oxidative Lignin Enzymes? podrían contrastarse con los resultados experimentales para cepas creciendo en diferentes medios con lignina, representando ambientes industriales extremos. Mediante este trabajo se propone el ensamblado de Bioinfo_eXtrema como parte de un enfoque bioinformático centrado en la selección de consorcios de extremófilos para aplicaciones en biotecnología industrial, combinando diversas técnicas de minería de datos ?integradas a través del Waikato Environment for Knowledge Analysis? para facilitar la integración de información molecular disponible e indicadores funcionales relevantes para apli... Presentar Todo |
Palabras claves : |
BIOINFORMÁTICA; MINERÍA DE DATOS. |
Thesagro : |
BIOTECNOLOGIA. |
Asunto categoría : |
F02 Propagación de plantas |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/12787/1/Capdevielle-F.-2011.-INNOTEC.pdf
https://ojs.latu.org.uy/index.php/INNOTEC/article/view/64/55
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Marc : |
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| Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Treinta y Tres. Por información adicional contacte bibliott@inia.org.uy. |
Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Treinta y Tres. |
Fecha actual : |
12/09/2014 |
Actualizado : |
08/10/2019 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Circulación / Nivel : |
B - 2 |
Autor : |
FITZGERALD, M.A.; BERGMAN, C.J.; RESURRECCION, A.P.; MOLLER, J.; JIMENEZ, R.; REINKE, R.F.; MARTIN, M.; BLANCO, P.; MOLINA, F.; CHEN, M.-H.; KURI, V.; ROMERO, M.V.; HABIBI, F.; UMEMOTO, T.; JONGDEE, S.; GRATEROL, E.; REDDY, K.R.; BASSINELLO, P.Z.; SIVAKAMI, R.; RANI, N.S.; DAS, S.; WANG, Y.J.; INDRASARI, S.D.; RAMLI, A.; AHMAD, R.; DIPTI, S.S.; XIE, L.; LANG, N.T.; SINGH, P.; PORO, D.C.; TAVASOLI, F.; MESTRES, C. |
Afiliación : |
BLANCO BARRAL, PEDRO HORACIO, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay; MOLINA CASELLA, FEDERICO, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay. |
Título : |
Addressing the dilemmas of measuring amylose in rice. |
Fecha de publicación : |
2009 |
Fuente / Imprenta : |
Cereal Chemistry, 2009, v. 86, no. 5, p. 492-498. |
ISSN : |
0009-0352 |
DOI : |
10.1094/CCHEM-86-5-0492 |
Idioma : |
Inglés |
Contenido : |
Amylose content is a parameter that correlates with the cooking behavior of rice. It is measured at the earliest possible stages of rice improvement programs to enable breeders to build the foundations of appropriate grain quality during cultivar development. Amylose is usually quantified by absorbance of the amylose-iodine complex. The International Network for Quality Rice (INQR) conducted a survey to determine ways that amylose is measured, reproducibility between laboratories, and sources of variation. Each laboratory measured the amylose content of a set of 17 cultivars of rice. The study shows that five different versions of the iodine binding method are in use. The data show that repeatability was high within laboratories but reproducibility between laboratories was low. The major sources of variability were the way the standard curve was constructed and the iodine binding capacity of the potato amylose used to produce the standard. Reproducibility is much lower between laboratories using a standard curve of potato amylose alone compared with those using calibrated rice cultivars. This study highlights the need to standardize the way amylose is measured, and presents research avenues for doing so. |
Thesagro : |
AMILOSA; ARROZ; CALIDAD CULINARIA. |
Asunto categoría : |
F30 Genética vegetal y fitomejoramiento |
Marc : |
LEADER 02591naa a2200553 a 4500 001 1050218 005 2019-10-08 008 2009 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a0009-0352 024 7 $a10.1094/CCHEM-86-5-0492$2DOI 100 1 $aFITZGERALD, M.A. 245 $aAddressing the dilemmas of measuring amylose in rice.$h[electronic resource] 260 $c2009 520 $aAmylose content is a parameter that correlates with the cooking behavior of rice. It is measured at the earliest possible stages of rice improvement programs to enable breeders to build the foundations of appropriate grain quality during cultivar development. Amylose is usually quantified by absorbance of the amylose-iodine complex. The International Network for Quality Rice (INQR) conducted a survey to determine ways that amylose is measured, reproducibility between laboratories, and sources of variation. Each laboratory measured the amylose content of a set of 17 cultivars of rice. The study shows that five different versions of the iodine binding method are in use. The data show that repeatability was high within laboratories but reproducibility between laboratories was low. The major sources of variability were the way the standard curve was constructed and the iodine binding capacity of the potato amylose used to produce the standard. Reproducibility is much lower between laboratories using a standard curve of potato amylose alone compared with those using calibrated rice cultivars. This study highlights the need to standardize the way amylose is measured, and presents research avenues for doing so. 650 $aAMILOSA 650 $aARROZ 650 $aCALIDAD CULINARIA 700 1 $aBERGMAN, C.J. 700 1 $aRESURRECCION, A.P. 700 1 $aMOLLER, J. 700 1 $aJIMENEZ, R. 700 1 $aREINKE, R.F. 700 1 $aMARTIN, M. 700 1 $aBLANCO, P. 700 1 $aMOLINA, F. 700 1 $aCHEN, M.-H. 700 1 $aKURI, V. 700 1 $aROMERO, M.V. 700 1 $aHABIBI, F. 700 1 $aUMEMOTO, T. 700 1 $aJONGDEE, S. 700 1 $aGRATEROL, E. 700 1 $aREDDY, K.R. 700 1 $aBASSINELLO, P.Z. 700 1 $aSIVAKAMI, R. 700 1 $aRANI, N.S. 700 1 $aDAS, S. 700 1 $aWANG, Y.J. 700 1 $aINDRASARI, S.D. 700 1 $aRAMLI, A. 700 1 $aAHMAD, R. 700 1 $aDIPTI, S.S. 700 1 $aXIE, L. 700 1 $aLANG, N.T. 700 1 $aSINGH, P. 700 1 $aPORO, D.C. 700 1 $aTAVASOLI, F. 700 1 $aMESTRES, C. 773 $tCereal Chemistry, 2009$gv. 86, no. 5, p. 492-498.
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INIA Treinta y Tres (TT) |
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